組織擬定全市醫療保障工作規劃。負責編報本部門年度預決算，負責機關財務、資產管理、內部審計等工作。負責編制全市醫療保障基金預決算草案。推進醫療保障大數據和信息化建設，實現醫療保障智能化監管、數據化決策。組織起草相關規范性文件，承擔本單位制定的規范性文件的合法性審核工作，對擬做出的重大行政執法決定進行法制審核，承擔行政復議、行政應訴等工作。負責推進本系統職能轉變和行政審批制度改革工作。