《辦法》的主要內容共分為6大部分25條內容:

第一部分是總則(第1—4條)，內容包括制定依據、病媒生物界定、實施范圍和實施原則;

第二部分是工作職責(第5—10條)，明確了各級人民政府、市、縣(市、區)愛衛會成員單位和疾控機構、機關和企事業單位、社會各單位的病媒生物預防控制工作職責;

第三部分是重點場所病媒生物防制要求(第11—14條)，對重點場所病媒生物防制工作進行分類明確;

第四部分是病媒生物防制管理規范(第15—19條)，對病媒生物防制效果評估、結果運用、病媒生物防制服務機構管理、殺鼠劑管理等工作進行了明確;

第五部分是法律責任(第20—24條)，明確了對不履行病媒生物防制工作職責、病媒生物防制不達標、違法違規行為的責任追究;

第六部分是內容補充(第25條)，明確本規定的實施日期和解釋權限單位。